Powstanie sanktuarium w Stoczku pośrednio związane jest z legendą o znalezieniu w starym dębie cudownej figurki Matki Bożej. Znane jest szerzej, jako miejsce uwięzienia prymasa Polski Stefana Kardynała Wyszyńskiego
Biskup Mikołaj Szyszkowski złożył uroczysty ślub, iż po nastaniu pokoju ze Szwedami, zbuduje kościół ku czci Matki Bożej. Na miejsce budowy świątyni będącej dziękczynnym wotum, wybrano Stoczek. Sam kościół został wybudowany w latach 1639-1641. Opiekowali się nim sprowadzeni z Barczewa ojcowie bernardyni.
W latach 1708-1711 wokół kościoła wybudowano krużganki z narożnymi kaplicami. Następnie do świątyni dodano prezbiterium, a w latach 1716-1717 – powiększono klasztor.
W roku 1772 Stoczek w wyniku I rozbioru Polski został włączony do państwa pruskiego. Po śmierci ostatniego zakonnika w roku 1826 sanktuarium zostało przejęte przez władze pruskie i zamknięte. Część budynków klasztornych w roku 1830 przeznaczono na szkołę elementarną.
Po II wojnie światowej kościół z końcem roku 1952, został zajęty przez państwo. Od 12 października 1953 roku do 6 października 1954 roku był tam więziony Prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński. Władze państwowe zwróciły sanktuarium diecezji 19 grudnia 1956 roku, a 13 marca 1957 roku biskup Tomasz Wilczyński powierzył je księżom marianom.
Kościół został wybudowany w stylu barokowym na planie rotundy. Świątynia otoczona jest obejściem krużgankowym z czterema narożnymi kaplicami. Malowidła ścienne na sklepieniach krużganków i w kaplicach narożnych przedstawiające sceny ze Starego Testamentu wykonał w 1736 roku Maciej Meyer.
fot. I.Treutle