Klasycystyczny kościół ewangelicko-augsburski w Mikołajkach został wzniesiony w latach 1841-1842 według projektu światowej sławy architekta Karola Fryderyka Schinkla. Przy kościele znajduje się również interesujące Muzeum Reformacji Polskiej.
Pierwszy pastor ewangelicki pojawił się w Mikołajkach prawdopodobnie w I połowie XVI wieku. W obecnym kościele ewangelickim w Mikołajkach znajduje się portret pastora Andrzeja Kowalewskiego, który sprawował swą kościelną funkcję na przełomie XVII i XVIII wieku i zyskał sobie przydomek pruskiego Hioba. Zlecił wykonanie dwóch dzwonów, jak również pomalowanie wnętrza kościoła.
Z powodu epidemii dżumy na początku XVIII wieku mikołajski kościół został zamknięty, a schorowany pastor Kowalewski przeniósł się do wsi Tałty. Po wygaśnięciu epidemii wrócił do Mikołajek. Syn pastora, Celestyn zlecił po śmierci ojca w 1725 zawiesić w kościele w Mikołajkach jego portret oraz polsko - niemiecką tablicę nagrobną. Jego zasługą było też nadanie nowego wystroju kościelnemu ołtarzowi oraz przekazanie zegara wieżowego, ofiarowanego i wykonanego przez Albrechta Somasko (Siemaszko) z Woźnic.
W 1749 roku spłonęła plebania ewangelicka, którą odbudowano w 1755 roku. W XVIII wieku kościół otrzymał nowe organy wykonane przez organmistrza Ungefunga z Ełku. W 1821 roku spłonęła również połowa kościelnej wieży. Postanowiono przebudować grożący zawaleniem kościół. Od 1834 ściągano potrójną dziesięcinę kościelną, aby zgromadzić potrzebne na ten cel fundusze. W 1839 roku kościół został zamknięty, a nabożeństwa przeniesiono do stodoły. Stary kościół został rozebrany, a zwłoki, pogrzebane na jego terenie, ekshumowane. Budowę nowej świątyni według projektu Schinkla rozpoczęto w 1841 roku.
We wnętrzu tej klasycystycznej budowli można podziwiać sklepienie kolebkowe z kasetonami, drewniane empory i umieszczone nad wejściem organy autorstwa organmistrza Scherweita z Ełku. Po obu stronach prezbiterium znajdują się dwa cenne portrety miejscowych pastorów – m.in. wspomnianego Andrzeja Kowalewskiego. W skarbcu kościoła przechowywany jest zabytkowy kielich mszalny z 1772 roku. Wieża zegarowa została ukończona w 1880 roku. W 1842 roku kościół został poświęcony.
W 1914 roku w kościele powypadały wszystkie szyby w wyniku eksplozji, kiedy to wojska rosyjskie wysadziły w powietrze dwa mosty w mieście.
Przy kościele znajduje się Muzeum Reformacji Polskiej, założone w 1973 roku przez księdza Władysława Pilcha – Pilchowskiego (1913-2008), proboszcza parafii luterańskiej w Mikołajkach. Jest to jedna z dwóch tego typu placówek w Polsce. Muzeum posiada cenny zbiór zabytków piśmiennictwa i drukarstwa polskiego na Mazurach sprzed 1945 roku.
zabytki.mazury.pl / fot. Izabela Treutle